WindowsとLinuxのデュアルブートというと、単一のHDDをパーティション分割して、それぞれのOSを入れるのが一般的だと思いますが、HDDを二つ用意して、それぞれにWindowsとLinuxを入れてデュアルブートする方法もあります。
次のように単一のHDDをパーティション分割して、それぞれのOSを入れます。
その場合、HDDのMBRにgrubをインストールしてそこでブートするパーティションを選択させます。grubからWindowsパーティションをブートするには、/etc/grub.confを次のような記述をします。
title Windows
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1
次のようにHDDを2つ用意して、それぞれにWindowsとLinuxを入れます。
その場合、BIOSでLinuxの入ったHDDをプライマリとします。次にgrubからWindowsパーティションをブートするために、/etc/grub.confを次のような記述をします。
title Windows
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1
grubのmapコマンドによって、プライマリを仮想的に入れ替えています。